คอมเพรสเซอร์ไฮโดรเจนสามารถแบ่งได้เป็นสองประเภทตามหลักการทำงาน: การแทนที่เชิงบวกและไดนามิก โดยที่การแทนที่เชิงบวกจะพบบ่อยที่สุด คอมเพรสเซอร์แบบแทนที่เชิงบวกยังแบ่งออกเป็นคอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบแบบลูกสูบและคอมเพรสเซอร์แบบโรตารี่. 1. คอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบแบบลูกสูบเปลี่ยนปริมาตรการทำงานของก๊าซโดยการเคลื่อนที่แบบลูกสูบของลูกสูบภายในกระบอกสูบ คอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบมีประวัติอันยาวนานและเทคโนโลยีการผลิตที่เติบโตเต็มที่. 2. คอมเพรสเซอร์แบบโรตารีประกอบด้วยคอมเพรสเซอร์แบบใบพัด (ใบพัดเลื่อน) และคอมเพรสเซอร์แบบสกรู เครื่องปรับอากาศที่ผลิตในประเทศส่วนใหญ่ใช้คอมเพรสเซอร์แบบโรตารี คอมเพรสเซอร์แบบสกรูส่วนใหญ่จะใช้ในอุปกรณ์ทำความเย็นขนาดใหญ่ และยังใช้กันอย่างแพร่หลายในห้างสรรพสินค้าขนาดใหญ่และอาคารสำนักงานอีกด้วย
เช่นเดียวกับก๊าซอื่นๆ ไฮโดรเจนสามารถสร้างแรงดันได้โดยใช้คอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบหรือแบบแรงเหวี่ยงเพื่อให้เป็นไปตามข้อกำหนดของกระบวนการ ในการใช้งานทั่วไปแต่ละประเภท ควรกำหนดประเภทของคอมเพรสเซอร์ตามอัตราการไหลของไฮโดรเจนและแรงดันที่ต้องการ สำหรับหน่วยไฮโดรแคร็กกิ้งขนาดใหญ่และขนาดกลาง- คอมเพรสเซอร์แบบลูกสูบจะใช้สำหรับไฮโดรเจนใหม่ ในขณะที่คอมเพรสเซอร์แบบแรงเหวี่ยงจะใช้สำหรับการหมุนเวียนไฮโดรเจน